Både forskerne og forskningsinstitusjonene må unngå å bli avhengige av oppdragsgiverne. Det kan svekke deres upartiskhet og den vitenskapelige kvaliteten i forskningen. Dette gjelder særlig dersom én enkelt oppdragsgiver står for en vesentlig del av forskerens/institusjonens finansiering. Det er derfor viktig at forskeren/institusjonen og oppdragsgiveren ikke har så sammenfallende interesser at det truer forskningens uavhengighet (egeninteressetrusselen). Salg av rådgivnings- eller konsulenttjenester til aktører som også har interesse av at forskningen skal få et bestemt utfall, kan bidra til å øke egeninteressetrusselen.

Ikke-økonomiske relasjoner kan også true den uavhengige forskningen. Personlige bånd, enten som følge av familieforhold eller som et resultat av langvarige forbindelser mellom forskeren/institusjonen og dem som deltar i forskningsprosjektene, kan føre til avhengighet på flere måter. Dels kan slike bånd føre til at forskningen blir brukt for å fremme synspunktene og interessene til enkelte parter (partsrepresentanttrusselen), dels kan de føre til at det ikke blir tilstrekkelig distanse mellom forskning og forskningssubjekt (fortrolighetstrusselen), og dels kan det føre til at uavhengigheten trues fordi de som deltar i forskningen, er i en posisjon der de kan øve innflytelse på forskeren (presstrusselen).

Rollen som uavhengig forsker kan i visse situasjoner komme i konflikt med andre roller forskeren kan ha, for eksempel rollen som rådgiver eller konsulent. Hvis forskeren påtar seg oppdrag som kan svekke tilliten til institusjonens troverdighet, er det som et minimum nødvendig å opplyse om disse forholdene. I noen situasjoner vil rollekonflikten være så sterk at rollene ikke bør forenes.