Når forskning organiseres som store, hierarkisk styrte prosjekter, vil forholdet mellom den enkelte forskeren og prosjektledelsen tilsvare for­holdet mellom forskeren/forskningsinstitusjonen og oppdragsgiveren. Hvis den enkelte forskeren opplever konflikt mellom lojalitet til institusjonen eller prosjektet og en etisk forsvarlig framgangsmåte, er utgangspunktet at den enkelte har et medansvar for hva han eller hun er med på. Forskeren har også ansvar for å varsle om forhold som ikke er forskningsetisk forsvarlige.

Opphavsrett og rett til publisering må reguleres gjennom klare avtaler. Dette gjelder også forholdet mellom oppdragsgiveren, forskningsinstitusjonen og forskeren i forbindelse med oppdragsforskning og utredninger.