Innen kvalitativ forskning studeres menneskelig handling og språklige ytringer, og en kvalitativ studie gir derfor muligheter for flere gyldige alternative tolkninger samtidig. Kvalifisert fortolkning er det som kan gjøre funnene til vitenskapelig kunnskap. Uansett hvilken metode som benyttes - observasjon, intervju, dokumentanalyse – består en sentral del av det vitenskapelige arbeidet i å tolke de empiriske dataene i lys av studiens teoretiske referanseramme. Det finnes ingen ”nøytral” eller ”objektiv” tolkning av menneskelige handlinger og ytringer, men det finnes enkelte fallgruver en forsker bør unngå.

Handlingene og ytringene til de personene som studeres, inngår i en kontekst som forskeren må kunne gjøre rede for. Det kan dreie seg om særskilte trekk ved en kultur som gir en viss type atferd, eller visse ytringer, en annen mening enn de ville hatt innen en annen kultur, eller det kan dreie seg om språklig sjargong som gir ordene spesiell mening. Religiøse ritualer og kulturelle tradisjoner kan for eksempel vanskelig tolkes dersom vi ikke kjenner til den konteksten de inngår i. Ett av utallige eksempler er kvinnelig kjønnslemlestelse: Dersom forskeren ikke kjenner til, eller ikke tar hensyn til, den kulturelle og religiøse bakgrunnen for denne praksisen, vil det være vanskelig – for ikke å si umulig – å komme til en dypere forståelse av fenomenet, eller å komme i dialog med dem som utfører eller blir utsatt for det. Kvinnelig kjønnslemlestelse er med andre ord noe langt mer enn et fysisk inngrep; det bærer en ”mening”, som blant annet ligger i kulturen.

Forskeren og informantene vil i mange tilfeller inngå i radikalt forskjellige kontekster (kulturelle, religiøse, sosiale, språklige etc.), noe som byr på særskilte utfordringer, ikke bare i fortolkningsprosessen, men også i intervjusituasjonen. Forskeren har gjerne – blant annet ut fra sin sosiale og kulturelle bakgrunn - en viss forforståelse av sitt forskningstema. Forskerens verdier, fordommer og forutsetninger vil farge både den måten forskeren framskaffer og tolker sine forskningsdata på, og møter sine informanter på. Informantene vil på sin side også være fortolkere, i den forstand at de forsøker å forstå bakgrunnen for de spørsmålene som blir stilt dem. Informantenes fortolkninger vil gjerne være preget av de forventningene vedkommende har til forskeren, for eksempel basert på forskerens profesjon, kjønn eller alder. Dersom forskeren ikke er seg bevisst disse forholdene, vil det kunne føre til feil, eller inadekvat, fortolkning av forskningsdataene. En god prosjektbeskrivelse bør vise fortrolighet med de konkrete utfordringene for datainnsamlingen og fortolkningsarbeidet som forskerens og informantenes ulike posisjon kan medføre.

En gjennomarbeidet og veldokumentert analyse er det som skiller den vitenskapelige tilnærmingen fra overfladiske påstander. Analyseprosedyren kan variere fra prosjekt til prosjekt, avhengig av problemstilling og materiale. Balansen mellom fleksibilitet og rigiditet i analysen er en krevende utfordring, der nybegynneren trenger bistand fra en erfaren veileder. Referanse til en tidligere velbeskrevet analyseprosedyre kan tilfredsstille leserens behov for å følge veien fra data til funn og lette tilgangen for nybegynneren. Et grunnleggende kjennetegn ved all forskning er at forskeren er åpen om sine metoder og derved gjør arbeidet tilgjengelig for kritikk. Kvalitative forskningsstudier har vært kritisert for manglende oppfyllelse av dette vilkåret, og spesielt er det beskrivelsen av dataanalysene som er blitt gjort til gjenstand for kritikk. Å gjøre dataanalysene mer transparente har derfor vært et viktig anliggende innen utviklingen av denne typen forskningsmetodikk.

Som det finnes ulike kvalitative forskningsmetoder, finnes det også ulike måter å utføre kvalitative dataanalyser på, jfr. Flick, von Kardoff & Steinke (2004).  I skandinavisk helsefaglig tradisjon er det særlig to ulike, men beslektede analysemodeller som ofte går igjen, nemlig grounded theory (Strauss & Corbin, 1998) og fenomenologisk analyse inspirert av Giorgi (1985), og modifisert av Malterud (2003) som systematisk tekstkondensering. Andre analyseprosedyrer er IPA (Interpretative Phenomenological Analysis), narrativ analyse og diskursanalyse. Prosjektbeskrivelsen bør alltid inneholde en presentasjon av en konkret analysestrategi som er i samsvar med den valgte metoden og formålet med studien.

Dataprogrammer for håndtering av kvalitative data er hjelpemidler i analysen, men ingen analysemetode. En prosjektbeskrivelse som kun sier at kvalitativ analyse utføres ved hjelp av et slikt bestemt program, er derfor mangelfull.

En manglende eller ufullstendig beskrivelse av analysestrategi kan indikere at forskeren ikke har tatt inn over seg de utfordringene som denne delen av forskningsprosessen byr på. Dette kan skyldes at forskeren har pådratt seg et uansvarlig stort datamateriale og havnet i det problemet Kvale (1996) kaller 1000-siders spørsmålet, der datavolumet bidrar til å vanskeliggjøre analysearbeidet. En lite gjennomtenkt analysestrategi kan i så måte utgjøre en trussel mot gjennomførbarheten av en kvalitativ forskningsstudie.