Offentlige og private oppdragsgivere har rett til å fastsette rammer og temaer for forskningsoppdrag, men det er forskeren som er ansvarlig for den vitenskapelige kvaliteten i forskningen.
Noen forskningsoppdrag kan være av en slik art at det ikke er forskningsetisk forsvarlig å uføre dem, for eksempel fordi de er så snevre at resultatene blir misvisende uansett, eller at det er rene bestillingsoppdrag for å legitimere politiske vedtak som allerede ligger fast.
Alle oppdragsforskere må være seg bevisst at det kan oppstå avhengighets- eller påvirkningsforhold til oppdragsgiver, spesielt hvis oppdragsgiver er dominerende på feltet. Slike avhengighetsforhold kan være ubevisste. Derfor er det viktig med offentlighet og faglig kritisk diskusjon av forskningsresultatene.
Det er utarbeidet en anbefalt standardkontrakt for oppdragsforskning. Den slår blant annet fast at resultater av oppdragsforskning alltid skal offentliggjøres og at det avtales en frist for når det skal gjøres.
Forskningsetiske komiteer har publisert en utredning om temaet: Oppdragsforskning: åpenhet, kvalitet og etterrettelighet i 2003 (PDF).
Mer om oppdragforskning i Forskningsetisk bibliotek(FBIB).